百合学院の創立者パウロ 田口 芳五郎枢機卿は、ローマカトリック教会において、わが国はもとより、国際的に活躍した方で、先進国や発展途上国におけるさまざまな教育文化に精通した人物でした。
田口枢機卿は、日本の戦後を復興させ、平和で豊かな社会としていくためには、当時十分行われていなかった女子教育を充実させ、深い教養をもった女性を育成していくことが重要であると考え、百合学院を創立したのです。
学校を創立するにあたり田口枢機卿は、宗教的情操教育を施しながら、円満な人格を育成し、人生の目的や意義を十分理解して、「純潔と愛徳」を実践できる人になるよう教育することを建学の精神としました。
百合学院中学校高等学校は、時代の進展とともにより深い隣人愛を実践し、国内外において真に自立した女性として、社会に貢献しうる女性の教育を目指しています。

• 1.キリスト教（カトリック）の理念に基づき、知的・道徳的・宗教的情操教育を行い、円満な人格を育成する。
• 2.キリスト教の原理・倫理を学び、人生の目的・意義をよりよく理解し、つねに真理を追及しようとする真摯な態度及びいかなる時にも良心的行動がとれる強固な意志を育成する。
• 3.キリスト教的価値観に基づいた豊かな隣人愛を実践し、社会に貢献しうる女性を育成する。

校章は学校の教育理念を象徴的に表示したものです。
百合学院で学ぶ生徒一人ひとりが、イエス・マリア・ヨゼフの「純潔・愛徳」の精神に倣うことを表しています。