中学３年間の基礎学力を身につけ、高等学校でも意欲的に学びたいという強い意志があれば、原則全員が進学できます。ただし、中学校での学習の総まとめと高等学校の２コース(アカデミックリサーチコース・キャリアリサーチコース)選抜のために入試があります。

募集人数は、Ａ日程入試約５０名、Ｂ日程入試約１０名、Ｃ日程入試各約１０名の合計約７０名です。この約７０名には併設小学校からの1０名程度が含まれます。
Ａ日程では受験される方の希望にできるだけ沿えるよう、入試で一定の成績（５割程度の得点率）を修めておれば６０名程度まで合格としたいと考えています。倍率よりも基礎学力が身についているかどうかで合否判定をいたします。

出願前に、保護者同伴による個別相談に来ていただき、「受験資格」の確認を行います。受験資格として、学校の成績以外の分野で各種検定（英検、漢検など）、学術、文化、芸術、スポーツなどでの実績が必要で、本校を専願受験する方のみが対象となります。詳しくは入試広報部までお問い合わせください。

各種スポーツの大会やバレエなどのコンクールに出場しているのであればチャンスはあります。まずは、入試広報部までお問い合わせください。

通常の授業は行っていませんが、中学では事前に授業内容の理解度をテストで確認し、合格点未満の生徒には指名制の土曜補習を行い、さらに学力を伸ばすために希望制のハイレベル講習も行っています。その他、学校行事、定期試験、模擬試験が入ることもあります。

本校では、生徒たちの登下校時の安全面を考え、許可制で携帯電話の所持を認めています。所持している生徒については、担任が朝礼時に集め、終礼時に返しています。

百合学院には併設の大学はありませんが生徒1人につき、5枠以上の指定校推薦があります。一人ひとりの進路目標に合わせ、幅広い学部・学科への進学が可能となっています。約90％以上が第1希望の推薦を取得しています。

本校では居住地により自転車通学を許可しています。尼崎市内に住む生徒はもちろんのこと、学校のある尼崎市近隣の豊中市や伊丹市などから自転車で通学している生徒もいます。基本は自転車通学で、雨の場合や荷物が多い時のみ、電車やバスを利用するというように通学方法を変えている生徒もいます。

現在、阪神・JR 尼崎駅と阪急園田駅から学校までスクールバスが出ています。学期毎での定期券や1回毎で使用できる回数券もありますので、暗くなるのが早い冬季や雨の場合のみスクールバスを利用することも可能です。

校門には警備員が常駐し、校内の巡回も随時行っています。

寄付金などは一切ありません。入学時にのみ保護者会への入会金10,000円が必要になります。

中学1年生時のクラスは、入学前テストにて決定します。附属の百合学院小学校の児童と公立小学校出身の児童が一緒のクラスとなります。